Yeni modeli bir önceki modelden ayıran en önemli farklardan biri yeni modelin S Pen’e destek vermesi. Cihaz S Pen’e destek verse de telefon S Pen’i barındıracak bir yuvaya sahip değil. S Pen’i taşımak için telefonunuz için bir kılıf satın almanız gerekiyor. S Pen, Galaxy Note 20 ve S21 Ultra’da olduğu gibi not alınmasına ve çizim yapılmasına imkan tanıyor. Galaxy Z Fold3 için S Pen Fold Edition ve S Pen Pro olmak üzere iki farklı S Pen seçeneği sunuluyor. Her iki S Pen’de de Galaxy Z Fold3’ün ana ekranını koruyan kuvvet sınırlama teknolojisine sahip özel olarak tasarlanmış otomatik seviyeli kalem ucu bulunuyor