Pebble’ın uygulama mağazası, gündelik, araçlar, uzaktan kumanda, bildirimler, fitness ve oyunlar dahil toplamda 6 farklı kategori bulunuyor. Kullanıcılar indirecekleri uygulamalar sayesinde mobil cihazlarıyla daha kolay iletişim kurabiliyor. Foursquare, Yelp ve daha bir çok uygulama desteğine sahip olan mağazada locker isimli bir bölüm yer alıyor. Locker, daha önceden indirilen uygulamaları, tekrardan cihaza indirmenize olanak sağlıyor. En fazla sekiz uygulama yükleyebilmenize izin veren Pebble’ın iOS sürümünü buradan, Androd’in beta sürümünü buradan indirebilirsiniz.